Der Palast war seit dem späten 14. Jahrhunderts der Sitz der Krakauer Bischöfe; seine aktuelle Gestaltung stammt aus dem 19. Jahrhundert, aber viele Elemente aus Renaissance und Barock sind erhalten geblieben. Karol Wojtyła wohnte von 1964 bis 1978 in diesem Palast, also in der Zeit von der Wahl zum Bischof bis zur Wahl zum Papst. Während seiner päpstlichen Pilgerreisen machte er im Palast Halt und schaute zu den hier versammelten Gläubigen durch das Fenster der päpstlichen Kapelle, die sich im ersten Geschoss über dem barocken Eingangstor befindet, aus. 1979 schaute er zum ersten Mal aus dem Fenster und redete bis spät in die Nacht mit jungen Leuten. Diese Begegnungen sind zu einer Tradition bei allen weiteren Papstpilgerreisen geworden. Vor dem Tod von Johannes Paul II. beteten die Gläubigen hier vor dem Palast. Am 02. April 2005 fand in der Franziskanerkirche eine feierliche Messe zu Ehren des verstorbenen Papstes statt. Vor dem Palast wurden Blumen, Erinnerungsstücke und Kerzen niedergelegt. Auf der Fensterbank des päpstlichen Fensters wurde ein symbolisches Kreuz aufgestellt. Diese Tradition wurde von Papst Benedikt XVI. übernommen, der während seiner Pilgerreise nach Polen 2006 auch durch das Papstfenster zu den Gläubigen sprach. 2016 erschien auch Papst Franziskus I. im Fenster.

Bis vor kurzem wurden Bilder des Papstes in das Fenster gestellt. Anlässlich des 40. Jahrestags der Wahl von Karol Wojtyła zum Papst 2018 wurde dort ein Mosaik aus venezianischem Glas mit einem Bildnis von Johannes Paul II. enthüllt, das von Magdalena Czeska angefertigt wurde.