Idea budowy synagogi zrodziła się w głowie kobiety, Brajndly. Jak głosi inskrypcja na ścianie bożnicy, to ona namówiła swojego męża Izaaka Jakubowicza do ufundowania budowli. Urzeczywistnienie pomysłu wymagało jedynie zgody króla Władysława IV, którą małżonkowie uzyskali 30 kwietnia 1638 roku. Inna legenda mówi, że Rabin Izaak, mając proroczy sen, odnalazł pod własnym piecem skarb, dzięki któremu mógł dokonać fundacji. Kolejna wersja mówi, że budowniczym miał być Włoch Giovanni Trevano lub Jan Laitnern. Gmach synagogi, która przez wieki była najokazalszą z krakowskich bóżnic, wzniesiono i wykończono w stylu późnobarokowym. W czasie II wojny światowej Niemcy grabili albo niszczyli cenne przedmioty, zarówno elementy wyposażenia jak i naczynia kultowe, a w  pomieszczeniach synagogi miała swą siedzibę pracownia teatralna, w której jako malarz dekoracji pracował Tadeusz Kantor. Po wojnie synagogę wyremontowali i przerobili na pracownie rzeźbiarskie krakowscy artyści. Niestety później budynek popadał w ruinę, a pożar w 1981 roku zniszczył wnętrze synagogi. Remont przywrócił mu dawną świetność. W głównej sali modlitewnej można podziwiać sklepienie kolebkowe z lunetami, a jej ściany, jak i ściany babińca są pokryte polichromiami z tekstami liturgicznymi. Obecnie Synagoga Izaaka, po renowacji przekazana chasydom, powróciła do funkcji kultowej.