Die Kirche hat eine schöne Geschichte. Ihr Bau 1395 wurde von der Heiligen Hedwig von Anjou und Władysław II. Jagiełło gestiftet. Einer Legende nach soll bereits Władysław I. Herman im 11. Jahrhundert mit der Errichtung begonnen haben. 1397 übernahmen die Beschuhten Karmeliter das Gotteshaus. Die gotische Kirche wurde im 16. Jahrhundert während einer Belagerung der Stadt beschädigt. Obwohl sie darauf wiederaufgebaut worden ist, blieben ihr weitere Zerstörungen während der schwedischen Invasion nicht erspart. Im 17. Jahrhundert wurde sie renoviert und ist bis heute erhalten geblieben. Bei der Gestaltung der Fassade der Basilika orientierte man sich an der Fassade der römischen Kirche Il Gesù. An der Kirche befindet sich ein Kalvarienberg mit Skulpturen aus dem 18. Jahrhundert. Bemerkenswert sind der barocke Hauptaltar mit seinen dekorativen Schnitzereien aus dem 18. Jahrhundert sowie das Chorgestühl aus dem 17. und 18. Jahrhundert. An der Wand des Gotteshauses an der ul. Garbarska befindet sich ein Steinquader mit einem vermeintlichen Fußabdruck der Königin Hedwig. Einer Legende nach soll die Königin, die das Gotteshaus während seines Baus oft besuchte, vom Unglück eines der Baumeister ergriffen, ihren Fuß auf den Steinquader gesetzt haben, um eine goldene Schnalle von ihrem Schuh zu lösen. Die Arbeiter bemerkten verwundert, dass auf dem Stein ihr Fußabdruck zurückgeblieben ist. Das barocke Kloster aus dem 17. Jahrhundert wurde im 20. Jahrhundert um zwei Stockwerke erhöht. In den Kreuzgängen sieht man Fresken aus dem 18. Jahrhundert, die die Geschichte der Kirche und des Gnadenbilds darstellen. Die an die Kirche angrenzende Kapelle der Gottesmutter von Piasek, geschaffen nach einem Entwurf von Giovanni Trevano, besitzt eine Kuppel mit Laterne und einer Madonna-Statue aus dem 17. Jahrhundert. Die Darstellung der Gottesmutter von Piasek, die auch „Frau von Krakau“ genannt wird, malte im 15. Jahrhundert ein unbekannter Mönch, der einer Legende nach seine begonnene Arbeit an dem Werk unterbrochen haben soll, das Gemälde aber wie durch ein Wunder vollendet wurde. Das Bild nahm bei einem Brand der Kirche 1655 keinen Schaden. Vor ihm betete 1683 Johann III. Sobieski vor seinem Feldzug nach Wien. Anlässlich des 200. Jahrestags der siegreichen Schlacht bei Wien erfolgte seine Krönung nach einem Entwurf Jan Matejkos. Die wichtigste Feier zu Ehren Mariens findet hier am 16. Juli, dem Gedenktag Unserer Lieben Frau auf dem Berge Karmel, statt.

Seit vielen Jahren beten Gläubige vor der Madonna. Das Gemälde in dem Heiligtum wurde 1966 von Erzbischof Karol Wojtyła geweiht. Es wird bereits seit dem 17. Jahrhundert verehrt.

Die erste Holzkirche, die dem Heiligen Nikolaus und der Heiligen Maria Magdalena geweiht war, entstand dank einer Stiftung Kasimir des Gerechten im 11. –12. Jahrhundert, vielleicht sogar schon im 10. Jahrhundert, und bildet eines der wertvollsten romanischen Bauwerke im Land sowie das älteste sakrale Objekt in den polnischen Karpaten (Karpaty). In ihm wurden seltene polychrome Darstellungen aus dem 12. Jahrhundert entdeckt. Im 17. Jahrhundert wurde am Standort der zerstörten Kirche eine neue errichtet, wobei der romanische Ostteil aus Steinquadern beibehalten wurde. In der Kirche befand sich an einem Seitenaltar ein Gnadenbild der Mutterschaft der allerseligsten Jungfrau Maria. Heute hängt das Bild der Gottesmutter von Dziekanowice in der benachbarten großen Kirche Mutterschaft Mariens, die in den Jahren 1960–1966 auf einer steilen Anhöhe am Fluss Raba gebaut wurde. Die Verehrung des Bilds der Gottesmutter von Dziekanowice begann im 17. Jahrhundert. Die Darstellung wurde von einem namentlich nicht bekannten Künstler der Krakauer Schule auf Leinwand gemalt. Johannes Paul II. krönte das Gemälde 1991. Das wichtigste Ablassfest des Heiligtums entfällt auf das Fest der Mutterschaft der allerseligsten Jungfrau Maria am ersten Sonntag nach dem 11. Oktober. Andere Ablassfeste werden am 22. Juli, dem Gedenktag der Heiligen Maria Magdalena, und am Nikolaustag, also am 6. Dezember, begangen.