Tematem wystawy prezentowanej w muzeum są duchowość i kultura zakonu cystersów, ukazywane poprzez pryzmat wniesionego w rozwój Europy wkładu materialnego, jak i jej niematerialnego dziedzictwa. Wystawa ukazuje spuściznę cystersów zarówno w szerokim kontekście historii całego zakonu, jak i w wymiarze lokalnym, w odniesieniu do dziejów opactwa mogilskiego.
W muzeum można zobaczyć najcenniejsze dzieła sztuki ze zbiorów i opactwa mogilskiego, a także najbardziej wartościowe obiekty pochodzące z księgozbioru biblioteki klasztornej. Wystawa ma częściowo charakter multimedialny, a niewątpliwą atrakcję stanowią makiety architektoniczne obiektów cysterskich, często będące modelami interaktywnymi.
W salach muzealnych pokazano w sposób nowoczesny historię zakonu cystersów na świecie, przede wszystkim jednak w kraju - zwłaszcza w Mogile, gdzie opactwo ufundował w 1222 r. biskup Iwo Odrowąż. Z gromadzonej przez wieki wielotysięcznej biblioteki oraz archiwum klasztornego zaprezentowano wybrane księgi i rękopisy. Obok przedmiotów sztuki złotniczej pokazano także szaty liturgiczne z końca XVII wieku, które według tradycji klasztornej były darem króla Jana III Sobieskiego. W pomieszczeniach muzeum pokazano również dawne instalacje techniczne, z których niegdyś słynęli cystersi m.in. piec hypokaustyczny, który służył do ogrzewania pomieszczeń klasztornych ciepłym powietrzem przechodzącym kanałami w podłogach i ścianach pomieszczeń. Pokazano także odkryty w trakcie prac badawczych kanał obudowanej Młynówki, przepływającej przez dom opata, która nie tylko napędzała urządzenia pobliskiego młyna i kuźnie, ale służyła także do czyszczenia latryn klasztornych. Ekspozycja muzealna zakończy się na historii kultu mogilskiego Krzyża, wizycie w 1979 r. w Mogile Ojca Świętego Jana Pawła II.

Projekt „Utworzenie Muzeum Duchowości i Kultury Cystersów wraz z Biblioteką w Opactwie Cystersów w Krakowie-Mogile” współfinansowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020.

Projekt dofinansowano również ze środków Ministra Kultury I Dziedzictwa Narodowego pochodzących z Funduszu Promocji Kultury.

Projekt „Utworzenie Muzeum Cystersów w budynku dawnego Pałacu Opata i Przeoratu wraz z rewaloryzacją otoczenia” realizowany w latach 2017-2021 został objęty dofinansowaniem Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa.